後鳥羽上皇の勅額でしられる。７７４年　光仁天皇によって開創され、神願寺都賀尾坊といったが、８１７年に栂尾十無尽院と改称された。そして、１２０６年に後鳥羽上皇の勅願「日出先照高山寺」と寺号を改称した。
 国宝　石水院は、明恵上人が後鳥羽上皇より学問所として賜わった建造物で、上人時代の唯一の遺構であり、簡素な中にも優雅さを保ち、きわめて機能的な構造をもっており、生活の知恵の結晶ともいえる住宅建築の傑作である

平成６年には、「世界文化遺産」に登録される。